مديريت برنامه، بودجه، تحول اداری و بهره وری در سال 1385 با عنوان "مدیريت برنامه، بودجه و تشكیلات" با هدف ساماندهی به وضعیت بودجه ریزی، جمع آوری آمار و اطلاعات اساسی دانشگاه و ایجاد تحول در سیستم اداری و بهبود شرایط سازمانی، تأسیس شد و مسئولیت مطالعه، طراحی، اجرا، مشاوره و استقرار سیستم های مربوط به برنامه و بودجه، آمار و اطلاعات و تشكیلات و تحول اداری در دانشگاه بین المللی قم را بر عهده گرفت.